XFree86 のインストール先のディレクトリ構造はバージョン 4.0 で変わりま
した。重要な変更のひとつは X サーバの XF86Config ファイルの
検索パスの変更です。詳しくは XF86Config のオンラインマニュアルに
書いてあります。この他の大きな変更としては、
実行時設定ファイルの大部分を /etc/X11 に移したことがあります。
ただし古い /usr/X11R6/lib/X11 からは新しい場所を指す
シンボリックリンクを張っています。実行時に生成されるファイルの一部も
/var の下の適切なサブディレクトリに置かれるようになりました。
こちらについても古い場所からシンボリックリンクを張っています。