LCD が常に CRT に 1024x768 (または物理的な LCD の大きさ) で出力する場合 と小さなモードを LCD に合わせて拡大している場合を除いて device 節に Option "lcd_center" を指定します。
この物理的な大きさ (例えば 1024x768) 用のピクセルクロックは...
LCD が表示状態になっていない場合、通常、モード行とピクセルクロックは VGA 表示となります。
出力先を Fn-F5 で切替えた場合は、 Xserver は情報とピクセルクロックを得ることは出来なく他の設定は不正と なります。従って出力先を切替えた後でモードを切替える必要があります！ そのとき、サーバはどの出力先が利用できるか調べて正しいクロック等を 選択します。 従ってお勧めする出力の変更手順は
Fn-F5 Ctrl-Alt-Plus Ctrl-Alt-Minus
となります。大丈夫でしょう。
Toshiba のキーパッドでは Ctrl-Alt を押してから、Plus/Minus を押す前に `Fn' を押して明確にテンキーモードにしてから切替えをしてください。